lundi 1 juin 2015

MERCI Professeur Puyt (1)

Merci pour cette expertise, pierre d’angle du renouveau d’une conchyliculture nationale durable

Jean-François Le Bitoux

Résumé - Le rapport d’expertise du Prof. J.D. Puyt sur l’étiologie des mortalités qui ont affecté certaines productions ostréicoles françaises en 2008 et 2009 est un véritable « OVNI » dans le débat national, un rapport « hors normes » et c’est ce qui en fait l’originalité à plus d’un titre. Il combine une approche scientifique, zootechnique, vétérinaire, historique, anthropologique, comptable et juridique qu’on ne retrouve nulle part, même si le document disponible est incomplet, sans les annexes. Il révèle l’importance d’un paramètre oublié, l’épidémiologie qui régule tout écosystème, domaine complexe qui contient les clefs d’une activité durable, indispensable pour neutraliser l’évolution « naturelle » de pathologies émergentes dans les élevages en phase d’industrialisation.

Rapport d'expertise judiciaire (Jean-Dominique Puyt) (*) : A télécharger Ici ou

Si cette série de billets n’avait eu qu’une seule raison d’être, ce serait de remercier le professeur J.D. Puyt pour son travail d’expertise et de réflexion vétérinaire en réponse à la plainte posée par l’Association Ostréiculture Traditionnelle (O.T.) contre « le reste du monde ostréicole français », la Profession, la Recherche et l’Etat. Il n’est pas sûr que ses conclusions agréent qui que ce soit mais l’impact des lois de l’épidémiologie devra être pris en compte pour sortir de l’impasse où les trois partis se trouvent. « C’est la vie ! » qui réserve des bonnes et de moins bonnes surprises.

Cette réflexion est présentée dans un cadre juridique qui impose une  présentation spécifique et qui même incomplète puisqu’on ne dispose pas des annexes, lui donne une tonalité et une considération très particulières, uniques. Rédigé comme un article de revue scientifique, ce travail ne pouvait pas avoir le même impact. Merci donc à l’O.T. pour avoir su trouver le bon angle pour obtenir des réponses pertinentes à des questions en suspens depuis longtemps car dérangeantes.

Le silence qui accompagne la publication de ce document peut s’expliquer par le choix des partis de conserver leurs arguments pour le procès mais ce faisant la situation ne s’arrangera pas d’elle-même. Ce silence peut aussi indiquer que le fond du problème reste incompris de la majorité et je me propose d’en éclaircir quelques thèmes même si un livre entier ne suffirait pas à expliciter les situations vécues et les arguments utilisés par les parties impliquées.
Cette expertise constate l’absence d’études épidémiologiques sérieuses dans les programmes de recherche. En fait ce que constatent ces trois confrères – J. D. Puyt, P. Vannier, autre épidémiologiste, P. Nicolas « sapiteur virologue » de l’expertise – c’est que Profession, Recherche et Administrations « tournent en rond ». Ils sont dans une impasse faute d’une meilleure appréciation épidémiologique des lois qui régulent toute vie en élevage, faute d’avoir oublié le concept « d’écopathologie » né à Ploufragan dans les années 1980/90. Il faudra pour en sortir faire machine arrière et retrouver l’aiguillage qui rendra la gestion d’un élevage saine et durable, de l’intérieur comme de l’extérieur. Je ne doute pas que ce travail soit la pierre angulaire d’un assainissement des écosystèmes aquatiques en général car les pathologies conchylicoles et les proliférations d’algues toxiques obéissent aux mêmes lois épidémiologiques.

Je suis heureux d’avoir évoqué l’an passé dans ce blog les vicissitudes vécues en conchyliculture et les comparaisons avec l’évolution en aquaculture de crevettes – avant même de connaitre ce document. Les observations analysées obéissent aux mêmes développements épidémiologiques que celles rapportées par J.D. Puyt. Le contraire eut été contre-productif. C’était faire de « l’écopathologie » et lutter contre des pathologies « émergentes » avant que les termes n’en soient inventés. Des traces fossilisées s’en trouvent encore quelque part dans les tiroirs de l’Ifremer. C’est aussi une façon de souligner à ceux qui selon les termes du rapport, estiment que l’expert et son sapiteur n’ont pas suffisamment de « publications » à leur actif ou de compétences particulières dans l’analyse des écosystèmes aquatiques qu’il sera possible de trouver des dizaines d’exemples en aquaculture de crevettes pour illustrer leurs propos. Car l’épidémiologie progresse par pathologie comparée.

Un rapport scientifique « Hors normes » - Pourquoi cette expertise ? Que dit-elle de si intéressant ?

Ce rapport est « hors normes » dès sa naissance et dans ses développements, tant sur les formes que sur le fond. Il n’est pas possible d’en proposer un « vrai résumé » car dans un document juridique, sortir quelques idées hors du contexte tend à simplifier une réflexion complexe.

L’Association O.T. veut comprendre comment et pourquoi des mortalités chroniques de la première décennie du XXIème siècle se sont transformées en mortalités aigües en 2008 et 2009, sans que personne n’ait rien vu venir et si les productions de naissain triploïdes pourraient en être responsables à un titre ou à un autre. Faute d’avoir des réponses crédibles et compétentes de la part des diverses autorités de tutelle (Ifremer, Etat, Administration Maritime, DSV et Ministère correspondant, CNC, CRC) elle choisit de porter l’affaire devant le Tribunal Administratif pour tenter d’obtenir réparation des préjudices subis par ses adhérents. Cette démarche entérine un manque de confiance profond entre les acteurs et les différentes instances d’encadrement.

Résumer c’est dénaturer l’expertise

Le Rapport d’Expertise Judiciaire de 128 pages formalise l’enquête de J.D. Puyt, qui a eu pour mission (Page 2 &3) « de se rendre sur les lieux d’exploitation litigieux en présence des parties », de « préciser le phénomène de mortalité des naissains d’huitres en 2008 et 2009 en en identifiant les causes ; en cas de pluralité de cause, préciser le pourcentage d’imputabilité à chacune d’elles » ; de « rappeler la mission de l’IFREMER,….. » ; de « fournir au tribunal tous les éléments de nature à lui permettre de se prononcer sur les éventuelles responsabilité encourues »... L’expert a organisé 5 réunions de travail avec les partis sur le terrain entre le 17 mai 2010 et le 6 juillet 2012. Une réunion de synthèse a eu lieu le 28 janvier 2014.

Résumer cette expertise à ses conclusions en trahit l’esprit et la lettre. Car ce sont les dires des uns et des autres, les interrogations de l’expert sur ce qu’il entend, sur ce qu’il n’entend pas, sur les réponses et les non-réponses des acteurs qui sont le cœur de l’expertise.
Des réponses aux questions posées sont résumées en fin de dossier. P. 120 .
1°) « Les mortalités de 2008 et 2009 continuent de sévir à l’été 2013 et elles sont majoritairement imputables à un microvariant du virus 0sHV-1 dont l’origine n’est aujourd’hui pas comprise. Les mortalités antérieures sont pour la majorité, imputables également à une infection  herpétique…. Ce virus était moins pathogène et demandait la participation de causes favorisantes ». 
2°) « Par son expertise scientifique et technique l’Ifremer a pour mission de donner des avis à l’Etat pour une bonne gestion sanitaire de la mer et en l’occurrence, des concessions ostréicoles ». « Peu de travaux d’épidémiologie… »
3°) « Cette absence de diagnostic médical a empêché l’IFREMER de formuler le moindre avis, notamment sur les mesures de prophylaxie à prendre… »

Quelques commentaires
Un livre entier ne suffirait pas à expliciter une démarche de 4 années de travail par un professeur en pharmacologie et toxicologie des écoles vétérinaires, spécialité particulièrement difficile du cursus, très exigeante et formatrice en physiologie et en pathologie comparées. 

Un travail scientifique anthropologique
Ce rapport est un travail scientifique enrichi de dimensions anthropologique, sociologique, historique, économique et juridique mieux qu’aucune publication dans une revue prestigieuse. Si  cette approche multiculturelle en fait sa force, elle sera contestée par « les spécialistes » de chaque domaine abordé. La dimension anthropologique de ce travail réside dans le fait que les mots ont ici une portée qu’ils n’ont pas vis-à-vis d’un journaliste, d’un autre professionnel ou scientifique. Le propre de l’expression juridique réside dans le fait que chaque situation, chaque expression, chaque dire contribue à l’expression de l’information finale. On ne dit pas la même chose dans le cadre d’une enquête juridique que lors d’une enquête de voisinage menée par un stagiaire. Chacun est engagé par chaque détail de ce qui est prononcé. Une personne plus ou moins concernée ne dit pas la même chose dans une réunion publique et dans une réunion privée, à un touriste ou un chercheur et à son médecin. Chaque groupe tente de définir ses positions avec ses « valeurs » et son vocabulaire. Dans un contexte juridique, un acteur, même simple témoin, se laisse parfois aller à des considérations ou des confidences qui n’auraient pas lieu d’être dans une publication, ni dans un compte rendu de réunions professionnelles.

Paul Jorion débute son travail d’anthropologue en soulignant qu’il faut rapporter les paroles des intervenants mot à mot sous peine d’en trahir le message. C’est aussi le premier travail du vétérinaire de campagne. Le scientifique a le plus souvent un but différent. En quête de lois qui résument des observations et des expériences différentes en un minimum de termes voire en quelques équations, il élimine consciemment ou inconsciemment des « détails » qu’il estime trop vite ne pas relever de son  thème principal – sans se donner la possibilité de se remettre en question ultérieurement. Cette démarche est une erreur dans un cadre médical et vétérinaire car chaque patient est unique même au cœur d’une épidémie !
Le compte rendu juridique s’apparente donc à un véritable compte rendu « anthropologique ». Le ton de l’ensemble du document révèle la tension qui existe entre les acteurs et un manque de confiance, situation également rapportés dans d’autres documents officiels. Cette plainte en justice n’en est qu’une concrétisation d’années de dysfonctionnement et les solutions curatives et prophylactiques proposées devront en tenir compte.

Quelques considérations, interrogations et réponses additionnelles arbitrairement choisies parmi mille autres tout aussi recevables

Le risque de surproduction hantait la profession. Chacun savait que la profession vivait une période de surproduction et que les mortalités chroniques des années 2000 étaient acceptées comme une manière de réguler les productions et les prix de marché. Cela n’incite pas la profession dans son ensemble à faire des efforts sanitaires particuliers qui auraient pu déstabiliser un peu plus des productions fragilisées par une « écopathologie multifactorielle ». Et encore moins à partager quelque progrès que ce soit ! On peut imaginer un grand découragement chez tous les acteurs. Les lois du marché font aussi partie du bagage épidémiologique et parfois de la pire façon : les écologistes le constatent au quotidien.

Les multiples avantages des huitres triploïdes
Dans un contexte artificiellement apaisé, les huitres triploïdes sont présentées comme un avantage car vendables toute l’année. Ce rapport dit enfin clairement « ce que tout le monde sait », qu’en fait leur succès est essentiellement dû à une croissance plus rapide, donc un meilleur business – ce qui est totalement légitime. Idem pour les productions d’écloserie à condition qu’elles deviennent fiables et sécurisées.
Etant père fondateur des techniques d’écloserie marine chez les crevettes, j’aurai très mauvaise grâce à ne pas en souligner les avantages. Mais comme je sais aussi combien cette production est difficile tant au niveau de la technique qu’au niveau commercial, je me garderai bien de la moindre critique envers les bonnes ou les mauvaises pratiques éventuelles du « secteur » : cela ne veut rien dire. Un pâtissier peut faire les pires ou les meilleurs produits avec les mêmes ingrédients. La « disponibilité » du produit « naissain d’écloserie » peut donc être la pire ou la meilleure des nouvelles selon que chacun sait ou croit savoir en faire. Sous un angle strictement zootechnique, je ne crois pas avoir lu de techniques qui permettraient de mesurer les productions primaires des écosystèmes, afin de préciser s’ils peuvent ou non nourrir aussi efficacement ces animaux sélectionnés, et ce tout au long de l’année ; ce serait la moindre des précautions, et je ne doute pas qu’on aurait de vraies surprises : la base de la zootechnie aquacole de crevettes est la gestion de la production primaire. C’est en dépassant cette étape qu’il fut possible de passer à la génétique – et non l’inverse.

Les limites de l’exercice
Les mortalités 2008 et 2009 s’inscrivent dans un contexte de mortalités chroniques qu’il n’est pas possible d’ignorer « depuis une quinzaine ou une vingtaine d’années » (p. 73). Mais il est indispensable de sortir de la considération limitée à la vie des mollusques pour comprendre l’épidémiologie des pathologies (p. 95). De fait physiologie, pathologie, épidémiologie, microbiologie ne prennent de sens que comparées avec la vie d’autres espèces. Pour construire une cohérence, une continuité entre élevage de poulets, de porcs, de crevettes et de coquillages, encore faut-il en avoir une connaissance physiologique et pathologique. C’est le recul et la profondeur qui manquent aux programmes en cours. « Il faut contextualiser avant de hiérarchiser » rappelle l’historienne Mona Ozouf : c’est exactement la démarche de l’épidémiologie. Ce qui explique que le concept juridique de découper une étiologie, une « cause » en pourcentage d’importance n’a pas de sens dans une dynamique biologique : une fois un mécanisme enclenché, d’autres suivent entrainés vers de mauvais aiguillages de manière automatique, irréfléchie. Et déterminer qui a lancé la première pierre est délicat car cela correspond à revenir sur l’historicité des séquences, dans leur contexte d’époque.
Et le travail de J.D. Puyt est une longue réflexion de physiologie et de pathologie comparées, étapes indispensables à la suivante, l’épidémiologie comparée. On n’accède pas à cet étage sans avoir emprunté les escaliers parfois sinueux de la vie des écosystèmes. C’est pourquoi l’expert précise comment l’homme de l’art perçoit et soigne une pathologie (p. 10 &11). Il existe pour une personne non avertie une tendance naturelle à apprécier un phénomène selon des critères anthropomorphiques qui alimentent des conversations de café du commerce qui répétées, prennent des allures de vérité. Aujourd’hui cette attitude simpliste est renforcée par Wikipedia.
Pasteur et Koch ont pu penser en leur temps que « le germe fait tout ». Les chercheurs sont obnubilés par en donner une définition aussi précise que possible afin de faire passer la nouvelle à l’administration. Mais c’est une erreur anthropomorphique qui rend plus difficile l’approche épidémiologique. Même le chercheur de laboratoire qui a peu d’expérience de terrain, n’y échappe pas alors que Claude Bernard affirmait à la même époque que « Le germe n’est rien et le terrain fait tout ». Son approche de la pathologie est « holiste ou holistique », celle des microbiologistes, « réductionniste » et il est très difficile de passer de l’une à l’autre en toute conscience. La situation est tout aussi difficile à déminer quand chercheurs et professionnels placent leurs (faux) espoirs dans une souche résistante (à quoi ? à quelque Vibrio ? à ce virus ?) par sélection génétique !

Visite dans une écloserie (P.27) : Quel est le risque d’appauvrissement du patrimoine génétique par les manipulations des larves ? Quid de l’usage d’antibiotiques ?

 En écloserie le tamisage des larves plus petites permet l’élimination de celles qui s’alimentent peu ou mal – quelle qu’en soit la raison. Elles sont plus susceptibles de retenir et fixer des germes dits opportunistes, capables de devenir pathogènes en quelques mutations. C’est en observant le tube digestif des larves de mollusques et de crustacés que l’on a appris - à nos dépens comme toujours - que la toute première étape de la dégradation de la santé de nos larves correspondaient à une moindre assimilation des aliments. Bref nos larves avaient la « diarrhée » comme peuvent l’avoir des poussins, des petits cochons ou un bébé : une pathologie « non spécifique » d’origine inconnue à l’époque mais qu’il a été possible de prévenir dans un premier temps par des doses faibles d’antibiotiques – chose qui serait évidemment interdite aujourd’hui. Nous n’avions pas cherché à mieux définir les souches en cause car c’est sans importance. Le but était de soigner les animaux puis de prévenir ces troubles, ce qui fut fait et qui a donné naissance à une industrie mondiale. Il existe différentes manières de gérer ces affections et aujourd’hui les probiotiques ont remplacé les antibiotiques. Leur usage ponctuel ne fut qu’une étape pour apprendre à s’en passer et une comparaison sur le mode d’action des uns et des autres, reste un vrai thème de recherche.

Quant au risque d’appauvrissement génétique des populations, c’est une histoire qui traine aussi au sujet des crevettes japonaises reproduites en France depuis des décennies avec peu sinon aucun renouvellement de stock. Il devrait exister aujourd’hui des méthodes pour mesurer l’évolution des génomes car les crevettes d’élevage sont dorénavant très suivies, quasi domestiquées et sélectionnées notamment pour l’absence de porteur viral sain. Aujourd’hui, les élevages craignent l’introduction d’animaux « sauvages ». Rien ne justifie actuellement donc des craintes de voir la génétique s’échapper des élevages mais proposer une sélection génétique sans disposer d’une zootechnie industrielle fiable restera une erreur de programmation coûteuse. « Pas la moindre conclusion sur une éventuelle fragilisation » (Page 85). Pas plus de raison de craindre quelque pollution génétique dans les populations naturelles.

Le gérant de l’écloserie fait remarquer qu’il existe une période pendant laquelle la qualité de l’eau du Golfe de Morbihan ne permet plus des cultures d’algues. Sans connaître son équipement, ni ses méthodes de travail, ce sont des difficultés que toutes les écloseries ont connu à travers le monde : des fluctuations suffisantes à la prise d’eau de mer pour induire des mortalités. La solution est de mettre en place un circuit d’épuration mais c’est une autre technologie, complexe. Mais on peut aussi se demander comment la biodiversité et les mollusques sauvages et d’élevage survivent dans ce secteur : c’est un épisode qui favorise des pathologies émergentes, quelle qu’en soit le germe.

Page 67, l’expert mentionne l’influence de l’état physiologique des animaux sur le risque sanitaire. C’est effectivement un paramètre sous-estimé. Comme un contre-exemple, le climat automnal doux 2014 a produit des blooms de plancton et une croissance inattendue à une époque où les professionnels n’en souhaitaient pas, sans apparemment déclencher de mortalités.

« L’organisation de la conchyliculture comment ça marche ? » à la manière du journaliste Michel Chevalet, c’est une des questions du Tribunal : Qui fait quoi ? Avec quels moyens ?

J.D. Puyt et P. Nicolas par leur fonction, connaissent l’organisation professionnelle du secteur agricole et en tirent des comparaisons utiles. Il a été signalé par ailleurs que le pourcentage du chiffres d’affaires consacré à la recherche est nettement plus élevé en conchyliculture qu’en agriculture, c’est une manière de mesurer l’intérêt du politique et réciproquement de s’étonner d’échecs répétés, (cf. différentes questions au gouvernement des sénateurs Revet et Labbé).

Pas question d’appréhender le bon ou le « moins bon »fonctionnement d’instances administratives de l’extérieur. Et il faut relire tout M. Crozier avant de s’y lancer ! Les capacités d’intervention des unes et des autres semblent floues et limitées et je ne commenterai pas cette étape. J’ai eu la chance d’éviter cette source de difficultés au CNEXO/COP et en Equateur. Il faut peut-être souligner qu’à cette époque, chacun se sentait suffisamment concerné par le succès des opérations en cours pour en stimuler le développement. Le jour où la même préoccupation et « demande » existeront, il deviendra possible de résoudre de manière écologique des problèmes aquatiques qui dans l’attente restent dédaignés, puisque personne ne veut vraiment les résoudre. Soigner des organismes malades n’est possible qu’à la demande de ceux qui le voit vivre, car on ne soigne quiconque contre son gré : en fait, on ne soigne pas un écosystème, on l’entretient. On ne soignera ni les coquillages sans l’investissement des producteurs, ni les écosystèmes affectés sans une volonté soutenue des gérants du DPM quels qu’ils soient.

Complément d’enquête.
Il y aurait mille détails à apporter aux observations des Dr Puyt et Nicolas quant à la gestion des stocks d’animaux et des écosystèmes pour conforter leur analyse.
Le concept d’écopathologie constate l’importance de l’environnement sur la santé des animaux et l’émergence de pathologies nouvelles, phénomène naturel. Qu’il s’agisse de bactéries de virus ou d’autres, toutes populations vivantes « secrètent » des pathogènes par mutation et sélection ?
La base de l’émergence de pathogène est la capacité de mutation des souches microbiennes dites « opportunistes ».  Et le travail de tout éleveur est d’être attentif aux détails qui signalent les difficultés de ses « élèves ». Aucun élevage ne saurait échapper à l’œil des éleveurs qui sont les plus compétents et dont la coopération est indispensable pour envisager des traitements curatifs ou préventifs.
Une idée facilement partagée est que le milieu marin est « ouvert » ! Ce n’est pas exact car les eaux des marées petites et grandes vont et viennent sur les sites sans forcément se renouveler avec les eaux du large. Par ailleurs le rôle des sédiments est lui aussi largement sous-estimé. Bref il y a matière à travailler sur le terrain pour sauver le cheptel comme le défendent les artisans.

Conclusion
L’expertise de J.D. Puyt constate qu’une épidémie virale chronique existait probablement depuis des années et qu’une flambée virale, probablement par mutation a provoqué les mortalités constatées. Des pratiques d’élevage autrefois traditionnelles sont devenues insuffisantes du fait de l’évolution des techniques et par excès de charges ; les triploïdes plus exigeantes ont pu y contribuer. Ce qui pouvait être localement « toléré » de manière artisanale devient un abus de « bien planctonique » quand des tonnes de mollusques vont et viennent sans contrôle ni de leur état sanitaire, ni connaissance des productions primaires nourricières.

Il n’est pas sûr que cette expertise particulièrement constructive soit appréciée à sa juste valeur par les partis concernés car elle constate les limites de l’efficacité des structures officielles et des connaissances des uns et des autres et personne n’apprécie un tel message qui implique une remise en cause, une réévaluation de pratiques abusivement définies comme bonnes et in fine, un retour sur ses pas pour prendre une autre direction. N’est-ce pas une étape pourtant essentielle au bon fonctionnement d’une démocratie ? Mais ce n’est pas le thème traité ici (cf. P. Jorion, M. Crozier).

L’expertise de J.D. Puyt n’est en soi rien de « révolutionnaire » puisqu’il fait remarquer que les partis concernés ignorent les acquis de l’écopathologie des décennies passées. Pourtant, elle propose un nouveau cadre aux débats en cours, y introduit une rigueur exigeante qui y manquait et qui suffit à expliciter un siècle de mortalités conchylicoles, pathologies qui ne s’éteindront pas tant que les pratiques et les régulations n’auront pas évolué sur le terrain et dans les textes. Pour tout cela, un grand MERCI Dr. J.D. Puyt. Le colloque sénatorial de réflexion « Regards croisés sur l’ostréiculture » du 10 juin 2015 pourrait être un vrai déclic si ce message passe sans être déformé. Mais, « C’est pas gagné ! » car tout reste à faire !

(*) Tribunal Administratif de Rennes - Jean-Dominique Puyt Vétérinaire Rapport d’expertise judiciaire - Association « ostréiculteur traditionnel » contre Ifremer, Etat, Comité national de la conchyliculture et CRC Bretagne Sud

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